Gracias a la ayuda brindada en este foro logre configurar el fortigate 50B para bloquear el acceso a paginas no deseadas por grupos de IP. Ahora bien, si los usuarios ingresan a las paginas HTTPS pueden conectarse aunque estas este bloqueadas.
En los perfiles del filtro Web ya probe chequeando HTTPS Scanning y bloquea los sitios https Correctamente, el problema es que cuando se trata de ingresar a un sitio HTTPS al que se tiene permiso de acceso (ejemplo la pagina de algun banco) se muestra el siguiente error:

no se de donde sale ese link a: linkhelp.clients.google, supongo que es del google chrome :S.
Lo raro es que no pasa con todas las PCs. Tengo dos PCs en el mismo grupo y una puede accesar correctamente y a otras le sale este error de certificado. ¿Podria alguien disculpar mi desconocimiento en el tema y ayudarme?, Muchas Gracias Nuevamente.